Aria proiectului este foarte importantă la nivel regional și național deoarece reprezintă sectorul central al celei mai mari zone carstice din România (Sinclinoriul Reșița – Moldova Nouă cu 800 kmp), având practic cel mai mare potențial de dezvoltare al habitatului 8310.
Numărul unităților habitatului 8310 din Situl Cheile Nerei – Beușnița, reprezintă la nivel regional (Caraș Severin) o pondere de 25% iar la nivel național (România), o pondere de 4,2%, în condițiile în care nu este realizată o inventariere completă acum iar perspectivele sunt de creștere a numărului de peșteri.
Cele 14 specii de chiroptere care sunt în sit reprezintă 45% din totalul speciilor de chiroptere din România.
Proiectul este important pentru conservarea biodiversității în ansamblu deoarece habitatul 8310 are legătură funcțională directă cu alte habitate protejate sau prioritare (7220 Izvoare petrifiante cu depunere de travertin, 8210 Versanți stâncoși cu vegetație chasmophitică pe roci calcaroase).
Habitatul 8310 este important și pentru că reprezintă habitatul temporar sau accidental al speciilor de mamifere mari, amfibieni, reptile, păsări.